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VectorBuilder在線矢量設(shè)計(jì)說明
發(fā)布時(shí)間： 2024-04-07 點(diǎn)擊次數(shù)： 506次北京華新康信年度推廣活動 VECTORBUILDER 上海試劑 VECTORBUILDER 湖北試劑 VECTORBUILDER 10280血漿對照 VECTORBUILDER 10280血漿對照
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VectorBuilder在線矢量設(shè)計(jì)
VectorBuilder提供了一個(gè)高度創(chuàng)新的基于web的平臺，將復(fù)雜而直觀的矢量設(shè)計(jì)與簡化的在線訂購相結(jié)合。我們的免費(fèi)平臺具有無限訪問權(quán)限，您只需點(diǎn)擊幾下鼠標(biāo)即可設(shè)計(jì)各種自定義矢量。您可以通過從我們的數(shù)據(jù)庫中選擇或粘貼自己的序列，輕松定制載體成分，包括啟動子、ORF和標(biāo)記。然后，您可以編輯您的序列，添加標(biāo)簽，執(zhí)行密碼子優(yōu)化，等等！除了設(shè)計(jì)您的載體，您還可以從我們的平臺訂購您設(shè)計(jì)的載體的定制克隆以及相關(guān)服務(wù)，如病毒包裝和質(zhì)粒DNA制備。
如何使用矢量設(shè)計(jì)工作室
集錦
多種載體主鏈的收集，包括常規(guī)質(zhì)粒、慢病毒、AAV、腺病毒、MMLV、piggyBac等
廣泛的載體成分?jǐn)?shù)據(jù)庫，包括啟動子、ORF、標(biāo)記物、表位標(biāo)簽、shRNA
詳細(xì)矢量圖
服務(wù)指南
從Vectorbuilder用戶友好的在線矢量設(shè)計(jì)平臺設(shè)計(jì)自定義矢量非常簡單、快速，并提供了一系列可定制的選項(xiàng)：
可用矢量系統(tǒng)查看更多
矢量設(shè)計(jì)工作室
一旦為實(shí)驗(yàn)選擇了合適的矢量系統(tǒng)，就可以進(jìn)入矢量設(shè)計(jì)工作室，使用各種自定義選項(xiàng)設(shè)計(jì)矢量：
1） 添加載體成分（如啟動子、ORF、標(biāo)記物、連接子等）
添加載體成分有三種方法：從我們流行的載體成分集合中選擇，按感興趣基因（GOI）搜索，或直接粘貼序列。通過GOI進(jìn)行搜索時(shí)，您可以無限制地訪問我們的ORF、shRNA和gRNA數(shù)據(jù)庫，使您能夠快速選擇所需序列并將其插入到載體中。
2） 作為多順反子表達(dá)多個(gè)基因
設(shè)計(jì)工作室允許你在一個(gè)啟動子后面放置多達(dá)4個(gè)ORF作為多順反子。多個(gè)ORF可以表達(dá)為單個(gè)融合蛋白，或者表達(dá)為通過2A或IRES連接體分離的不同蛋白。
3） 編輯ORF序列
將ORF添加到載體后，可以打開ORF編輯器添加表位標(biāo)簽或?qū)⑼蛔円胄蛄小Ｎ覀兲峁?shù)十種流行的蛋白質(zhì)標(biāo)簽，可以附加在ORF的N或C末端。其他方便的功能包括密碼子優(yōu)化、將核苷酸序列翻譯成氨基酸序列、尋找ORF和查看反向互補(bǔ)鏈。
矢量信息概述
完成矢量設(shè)計(jì)后，您將被重定向到矢量信息頁面。從這里您可以：
查看矢量的完整注釋地圖和序列
下載各種格式的矢量報(bào)告，包括PDF、GenBank、FASTA和SnapGene
查看矢量的價(jià)格和周轉(zhuǎn)時(shí)間或提交價(jià)格查詢
將矢量與病毒包裝等下游服務(wù)一起添加到您的購物車中
將矢量設(shè)計(jì)保存到您的帳戶
與同事分享矢量設(shè)計(jì)
檢索矢量設(shè)計(jì)
唯的矢量ID會自動定給在VectorBuilder上創(chuàng)建的任何矢量。您可以使用此ID在不登錄的情況下單擊“設(shè)計(jì)矢量"下的“檢索矢量信息"來檢索有關(guān)矢量的完整信息。
請求設(shè)計(jì)支持
如果您在我們的設(shè)計(jì)工作室中設(shè)計(jì)矢量時(shí)遇到問題（例如，您需要使用我們數(shù)據(jù)庫中不可用的主干或有序列
技術(shù)信息
矢量的基本組成部分
啟動子-啟動子是所有表達(dá)載體的關(guān)鍵組成部分，因?yàn)樗?qū)動下游GOI的轉(zhuǎn)錄。載體啟動子的選擇取決于目標(biāo)基因表達(dá)的所需位置和水平。啟動子可以是普遍存在的，在所有細(xì)胞類型中驅(qū)動基因表達(dá)，也可以是組織特異性的，僅在特定細(xì)胞類型中推動基因表達(dá)。此外，啟動子可以具有可變的強(qiáng)度（弱、中等或強(qiáng)），這取決于它們可以實(shí)現(xiàn)的靶基因表達(dá)水平。
ORF–ORF代表用戶GOI的開放閱讀框架，最終轉(zhuǎn)化為功能蛋白。ORF對于表達(dá)載體是至關(guān)重要的，并且位于啟動子的下游。當(dāng)需要同時(shí)表達(dá)多種蛋白質(zhì)時(shí)，可以將與這些蛋白質(zhì)相對應(yīng)的ORF放置在由要表達(dá)的連接體分離的同一啟動子下
polyA信號–polyA代表多腺苷酸化信號序列，負(fù)責(zé)上游ORF序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄物的轉(zhuǎn)錄終止和多腺苷酸化。將polyA信號整合到載體中導(dǎo)致信使核糖核酸的多腺苷酸化，這保護(hù)信使核糖核酸不被核酸酶和磷酸酶降解。此外，多聚腺苷酸化對于信使核糖核酸的核輸出到胞質(zhì)溶膠和核糖體翻譯蛋白質(zhì)至關(guān)重要。
選擇標(biāo)記物–選擇標(biāo)記物使實(shí)驗(yàn)者能夠成功識別已被載體正向轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)導(dǎo)的細(xì)胞。兩種類型的標(biāo)記物通常用于選擇正轉(zhuǎn)染/轉(zhuǎn)導(dǎo)的哺乳動物細(xì)胞——藥物選擇標(biāo)記物和熒光蛋白標(biāo)記物。藥物選擇標(biāo)記物的作用是在攜帶該標(biāo)記物的載體的細(xì)胞中賦予對相應(yīng)抗生素的耐藥性。另一方面，不攜帶載體的細(xì)胞對抗生素沒有耐藥性，因此在抗生素存在的情況下被殺死。熒光標(biāo)記使研究人員能夠通過熒光顯微鏡下的可視化或通過熒光激活的細(xì)胞分選（FACs）來選擇正轉(zhuǎn)染/轉(zhuǎn)導(dǎo)的細(xì)胞。
復(fù)制起源——復(fù)制起源對細(xì)菌宿主細(xì)胞內(nèi)質(zhì)粒載體的復(fù)制至關(guān)重要。復(fù)制起源的選擇通常取決于需要在宿主細(xì)胞內(nèi)維持的載體拷貝數(shù)，這反過來又影響載體的穩(wěn)定性。雖然高拷貝數(shù)質(zhì)粒有助于從質(zhì)粒制劑中獲得更高的DNA產(chǎn)量，但低拷貝數(shù)質(zhì)粒是表達(dá)有毒或不溶性蛋白質(zhì)的選。此外，當(dāng)在同一細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)生長多個(gè)質(zhì)粒時(shí)，重要的是兩個(gè)質(zhì)粒不包含相同的復(fù)制來源，因?yàn)槟菢铀鼈儗⒉幌嗳荩⒆柚官|(zhì)粒復(fù)制。
抗生素抗性基因——抗生素抗性基因允許選擇攜帶載體的細(xì)菌細(xì)胞，從而促進(jìn)載體在細(xì)菌群體中的維持。不攜帶載體的細(xì)胞對抗生素沒有耐藥性，因此在抗生素存在的情況下被殺死。
其他分量——雖然上面列出的分量通常存在于大多數(shù)矢量類型中，但根據(jù)其具體應(yīng)用，在某些矢量類型中也可以找到各種其他矢量分量。例如，病毒載體如慢病毒和AAV載體的特征在于分別存在病毒序列如長末端重復(fù)序列（LTRs）和反向末端重復(fù)序列，這對于GOI在靶細(xì)胞中的病毒依賴性表達(dá)是必需的。類似地，在所有轉(zhuǎn)座子載體中發(fā)現(xiàn)的末端重復(fù)序列對于轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的GOI在相應(yīng)轉(zhuǎn)座酶存在的情況下轉(zhuǎn)移到靶細(xì)胞中是必不少的。
此外，還有各種矢量分量，它們可能對矢量的基本功能不是必不少的，但它們可以幫助增強(qiáng)矢量功能的通用性。例如，通常引入多克隆位點(diǎn)（MCS）區(qū)域以將多個(gè)限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)添加到載體中，這使研究人員能夠靈活地使用任何這些位點(diǎn)將其GOI克隆到載體中。諸如T2A和IRES的連接物是這種載體組分的另一個(gè)例子，其可能不需要載體工作，然而，當(dāng)添加它們時(shí)，它們允許從與多順反子表達(dá)盒相同的載體表達(dá)多個(gè)ORF，從而增強(qiáng)其功能。
矢量系統(tǒng)的選擇
任何成功實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的關(guān)鍵因素之一是用于將GOI遞送到靶細(xì)胞中的載體系統(tǒng)的選擇。鑒于有各種病毒和非病毒載體可供選擇，在開始設(shè)計(jì)載體之前，應(yīng)考慮幾個(gè)因素。一些關(guān)鍵的考慮因素包括：你的靶細(xì)胞轉(zhuǎn)染容易還是困難？你想要瞬時(shí)表達(dá)還是穩(wěn)定地整合到宿主基因組中？你需要使用定制的啟動子來驅(qū)動你感興趣的基因嗎？您的載體將用于細(xì)胞培養(yǎng)還是體內(nèi)？你需要條件或誘導(dǎo)型基因表達(dá)嗎？你的GOI有多大？
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